Это водное растение является самым крупным среди рдестов и встречается не только в пресных водоемах, но даже и в солоноватых озерах. Оно предпочитает произрастать на легких песчаных грунтах. Рдест способен быстро распространяться в водоеме, образуя густые заросли. Он имеет очень длинный ветвистый стебель с поочередными бесчерешковыми листьями, толстыми и жесткими. Листья имеют округловато-овальную форму, у самого основания – сердцевидную и крепятся к стеблю таким образом, что кажется, будто они нанизаны на него, отсюда и пошло название «пронзеннолистный».
Это растение все время полностью погружено в воду, но в пору цветения оно поднимает свои густые колосовидные соцветия над поверхностью водоема. Такие соцветия собраны из многочисленных мелких желто-зеленых цветков. Отцветая, рдест пронзеннолистный снова погружается в воду, и уже в воде происходит созревание плодов.
Рдест обычно обитает в довольно жесткой известковой воде. Во время цветения, когда над водой поднимаются соцветия и иногда верхние листья растения, можно заметить, что вся надводная часть покрыта тонкой известковой пленкой.
Чрезмерное распространение его способно препятствовать движению маломерных судов (наматываются на винты лодочных моторов и на весла), а также приводить к зарастанию и заиливанию водоема.